Esquema de Euglena (Flagelado) Esquema de Paramecium (Cíliado)
Os cílios e flagelos têm a mesma estrutura interna. Os cílios, no entanto, são mais curtos e mais numerosos por célula do que os flagelos. Essas estruturas ocorrem em seres multicelulares e também em muitos protistas, como é o caso dos ciliados e dos flagelados.
Nesses organismos unicelulares, os cílios e os flagelos têm a mesma função básica de promover o deslocamento em meio líquido ou mesmo de promover a movimentação do líquido circundante, de modo a propiciar a obtenção de alimento. Eles são centríolos modificados e muito alongados, que se estendem no interior de evaginações da membrana. Os cílios e flagelos são compostos de nove grupos de dois microtúbulos periféricos e de um grupo de dois microtúbulos centrais.
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